Zur Verwirklichung ihrer Ziele werden alljährlich vier Preise verliehen, zwei auf dem Gebiet der Geistes- und Sozialwissenschaften sowie der Kunst und zwei auf dem der Physik, Mathematik, Naturwissenschaften und Medizin. Seit 2001 geben die Statuten der Balzan Stiftung den Preisträgern vor, die Hälfte der Preissumme für Forschungsprojekte zu verwenden, an denen vorzugsweise junge Wissenschaftler beteiligt sind.
Im Abstand von nicht weniger als drei Jahren vergibt die Balzan Stiftung zudem einen Preis für Humanität, Frieden und Brüderlichkeit unter den Völkern.
Die Stiftung verfügt über zwei Sitze, die Stiftung „Preis“ in Mailand und die Stiftung „Fonds“ in Zürich. Die Stiftung „Preis“ legt über das Preisverleihungskomitee, welches sich aus bedeutenden europäischen Gelehrten und Wissenschaftlern zusammensetzt, die auszuzeichnenden Preisgebiete fest und ermittelt die Balzan Preisträger. Die Stiftung „Fonds“ verwaltet das von Eugenio Balzan hinterlassene Vermögen.