Der Stiftungsrat als leitendes Organ legt, gemäss dem in der Geschäftsordnung festgelegten Verfahren, die kulturellen Aufgabenbereiche der Stiftung fest und ernennt die Mitglieder des Preisverleihungskomitees aufgrund der vom Komitee selbst unterbreiteten Vorschläge. Der Stiftungsrat besteht aus neun angesehenen Persönlichkeiten aus dem Kultur- und Wissenschaftsleben. Eines der Mitglieder wird vom italienischen Aussenminister im Einvernehmen mit dem italienischen Erziehungsminister ernannt, ein weiteres wird vom Departement des Innern der Schweiz bestellt und ein drittes vom Preisverleihungskomitee.
Das Preisverleihungskomitee ist ein Organ innerhalb der Stiftung „Preis“ in Mailand, dem zurzeit zwanzig namhafte europäische Geistes- und Naturwissenschaftler aus ganz Europa angehören. Das Preisverleihungskomitee legt alljährlich die auszuzeichnenden Fachgebiete fest und wählt die Preisträger aus Kandidatenvorschlägen, welche von den international renommiertesten Kultur- und Wissenschaftseinrichtungen – Universitäten, Forschungsinstitute, Akademien – erbeten werden
Der Generalsekretär ist als Sekretär des Stiftungsrates – von dem er bestellt wird – und des Preisverleihungskomitees tätig. Er leitet und überwacht sämtliche Dienste der Stiftungsorgane und koordiniert deren Aktivitäten. Der Generalsekretär ist zudem für die Öffentlichkeitsarbeit zuständig
Die Kontrollstelle besteht aus drei Mitgliedern, von denen zwei von der Aufsichtsbehörde und einer vom Stiftungsrat der Stiftung „Fonds“ ernannt werden. Unter den kompetentesten Verwaltungsexperten auserwählt, obliegt ihnen die jährliche Abfassung eines Berichts über die Abschlussbilanz sowie über die finanzielle Situation der Stiftung „Preis“