La Fondation décerne actuellement quatre prix annuels, deux dans la catégorie des lettres, des sciences morales et des arts et deux dans celle des sciences physiques, mathématiques, naturelles et médicales. Depuis 2001 les statuts de la Fondation imposent aux lauréats de destiner la moitié du montant du prix au financement de projets de recherche menés de préférence par de jeunes chercheurs.
A intervalle variable, non inférieur à trois ans, la Fondation décerne aussi un prix pour l’humanité, la paix et la fraternité entre les peuples.
La Fondation Balzan poursuit son œuvre en s’appuyant sur deux sièges situés l’un à Milan et l’autre à Zurich. La Fondation « Prix », par l’intermédiaire du Comité Général des Prix dont la composition est européenne, s’occupe du choix des matières à récompenser et de l’attribution des prix. La Fondation « Fonds » administre le patrimoine laissé par Eugenio Balzan.