Le Conseil de Fondation est l’organe directif qui, en vertu des dispositions des Statuts, définit la politique culturelle de la Fondation et nomme les membres du Comité Général des Prix sur proposition du dit Comité. Le Conseil est formé de neuf membres, comprenant des personnalités très connues des mondes institutionnel et académique. Un des membres est nommé par le ministre des Affaires Etrangères de la République Italienne, de concert avec le ministre de l’Éducation, un autre membre est nommé par le Département Fédéral de l’Intérieur de la Confédération Suisse et un troisième par le Comité Général des Prix.
Le Comité Général des Prix est un organe œuvrant au sein de la Fondation « Prix » de Milan ; il est composé de vingt membres de grand prestige culturel et scientifique provenant de toute l’Europe. Le Comité Général des Prix choisit chaque année les matières à récompenser et sélectionne les lauréats parmi des candidatures qui sont directement sollicitées par la Fondation Balzan auprès des plus importantes institutions culturelles du monde (universités, instituts de recherche, académies).
Le Secrétaire Général, outre les fonctions de Secrétaire du Conseil de Fondation (par lequel il ou elle est nommé/e) et du Comité Général des Prix, assure la direction et la surveillance de tous les services, ainsi que la coordination générale de l’activité des organes de la Fondation. Il ou elle s’occupe également des relations publiques.
e Collège des Commissaires aux comptes est formé de trois membres dont deux sont nommés par l’Autorité de Surveillance et un par le Conseil de la Fondation “Fonds”. Choisis parmi des personnes possédant une solide expérience en matière d’administration, ils rédigent annuellement un rapport sur le bilan de l’exercice précédent et la situation financière de la Fondation “Prix”.