Assegna attualmente quattro premi annuali, due nelle lettere, scienze morali e arti, due nelle scienze fisiche, matematiche, naturali e medicina.
Dal 2001, il vincitore del Balzan è tenuto a destinare metà del premio al finanziamento di progetti di ricerca condotti da giovani umanisti e scienziati.
Con un intervallo non inferiore a un triennio, la Fondazione Balzan assegna anche un premio per l’umanità, la pace e la fratellanza fra i popoli.
La Fondazione opera attraverso due sedi istituzionali, una a Milano e una a Zurigo. La Balzan “Premio”, attraverso il suo Comitato Generale Premi, a composizione europea, sceglie le materie da premiare e seleziona le candidature. La Balzan “Fondo” amministra il patrimonio lasciato da Eugenio Balzan.